温州大学历来高度重视马克思主义理论学科和专业建设。1978年招收思想政治教育专业专科，1987年开始培养思想政治教育本科生；2006年获马克思主义基本原理和思想政治教育两个二级学科硕士学位点；2011年获批马克思主义理论一级学科硕士学位点，下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究等4个二级学科硕士学位点；2015年新增教育硕士学科教学（思政）方向硕士学位点。马克思主义理论学科系省一流学科，马克思主义中国化研究系省高校重点学科，思想政治教育本科专业系省一流本科建设专业和市重点专业。在2017年教育部组织的第四轮学科评估中，马克思主义理论学科居于B-类，系温州大学申博重点培育学科。